update docs config (separate modules and autosummary)

Makefile

@@ -4,7 +4,7 @@ BASH=/usr/bin/bash
 
 ## ------------------ docs ------------------ ##
 docs-build:
-	sphinx-apidoc --module-first -o docs/_autoref/ co4
+	sphinx-apidoc --module-first --separate -o docs/_autoref/ co3
 	make -C docs/ html
 
 docs-serve:
@@ -12,6 +12,7 @@ docs-serve:
 
 docs-clean:
 	make -C docs/ clean
+	rm -rf docs/_autoref 
 ## ------------------------------------------ ##
 
 ## ----------------- tests ------------------ ##